Fussnoten werden am unteren Textrahmen eingefügt.
Endnoten werden am Ende des Dokumentes im letzten Textrahmen eingefügt.

Fussnoten einfügen

Kursor im Text positionieren wo die Fussnote einfefügt werden soll; Menu -> Schrift -> Fussnote einfügen
Fussnoten werden Fussnoten; Menu -> Schrift -> Optionen für Dokumentfussnoten ... 

Endnoten einfügen

Kursor im Text positionieren wo die Endnote einfefügt werden soll; Menu -> Schrift -> Endnote einfügen
Formatiert werden Endnoten; Menu -> Schrift -> Optionen für Dokumentendnoten ... 

Fussnoten in Endnoten umwandeln

Fuss-und Endnoten können können End- und Fussnoten konvertiert werden;  Menu -> Schrift -> Fussnoten und Endnoten konvertieren

Weitere Informationen:
https://helpx.adobe.com/ch_de/indesign/using/footnotes.html?x-product=Helpx%2F1.0.0&x-product-location=Search%3AForums%3Alink%2F3.5.6